Что нужно знать, про Яндекс.Вебмастер — раздел Региональность, решив продвигать сайт по регионам и, как следствие, делать под каждый регион свой поддомен?
Во-первых, то, что база городов в Яндекс.Вебмастере не всегда актуальна. Поэтому иногда приходится привязывать к «старым» регионам.
Во-вторых, районов там нет. Поэтому скорее всего придется назначить просто город.
В-третьих, городской округ — это и есть сам город.
Если знаете еще что-то, добавьте в комментарии.
Справка Яндекса по региональности.